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溴化乙錠簡介：
       溴化乙錠(1239-45-8,Ethidium bromide,EB)簡稱EB,是用于凝膠中DNA和RNA檢測的最常用染料。溴化乙錠是一種DNA嵌入劑，可將自身插入雙螺旋的堿基對之間。溴化乙錠在300和360nm處具有最大的UV吸收，在590nm處具有最大的發射紅橙信號。溴化乙錠（EB）也是一種嵌入藥物，已顯示可阻止雌激素受體（R）與DNA的體外相互作用。
       溴化乙錠是一種敏感、易染色的 DNA。它產生低背景和 1-5 ng/band 的檢測限。溴化乙錠的主要缺點是它是一種有效的誘變劑。解決方案必須極其謹慎地處理，并在處置前進行凈化。盡管如此，溴化乙錠染色的敏感性、簡單性（如果需要，染料可以在凝膠中與 DNA 一起運行，消除了單獨的染色/脫色過程）和非破壞性特性，使其成為雙鏈 DNA 的標準染色劑。
      重要的是要注意，天然 DNA 的雙鏈結構強烈增強了乙錠染色。變性、ssDNA 或 RNA 的染色相對不敏感，需要大約 10 倍的核酸才能進行等效檢測。另一個限制是乙錠的熒光被聚丙烯酰胺淬滅，在 PAGE 凝膠中靈敏度降低了 10-20 倍。

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使用溴化乙錠檢測 DNA/RNA
注意：溴化乙錠是一種強誘變劑，只能使用手套和適當的預防措施進行處理。
方法 I - 在凝膠和緩沖液中加入溴化乙錠
※ 凝膠制備
-- 根據制備瓊脂糖凝膠的標準方案將瓊脂糖溶解在緩沖液中。
-- 讓凝膠冷卻至 60-70°C。
-- 添加 EtBr 至 0.5 µg/ml 最終濃度。 （原液一般為 10 mg/ml，需要 5μl 原液/100ml 凝膠）。
-- 倒入凝膠并照常放置。
※ 緩沖液準備
-- 準備足夠的緩沖液（TBE 或 TAE）來填充設備。
-- 添加 5µl/100ml EtBr 原液。
※ 運行凝膠
運行完成后，將凝膠置于 UV 燈箱上的保鮮膜中。在微弱的橙色背景上，條帶將顯示為亮橙色。
這種方法將檢測大約 5ng 的 DNA。可能需要在水中或 1 mM MgSO4 中脫色以達到完全靈敏度。
作為替代方案，乙錠可以包含在凝膠中，但不包含在緩沖液中。乙錠帶正電荷，會從 DNA 向相反的方向遷移。通常，即使在 DNA 凝膠的陰極端，仍有足夠的乙錠與 DNA 結合。這種凝膠將具有高背景區域，其中乙錠尚未遷移出凝膠。然而，它們足以滿足多種用途，并且不會產生那么多的乙錠廢物（您的安全辦公室會知道什么水平的乙錠會導致緩沖液被宣布為危險品）。

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二、方法 II - 運行后染色
※ 在水或緩沖液中準備足夠的 0.5µg/ml EtBr 以完全浸沒凝膠。該溶液在室溫下避光保存 1-2 個月。
※ 運行后將凝膠浸入染色溶液中 15-30 分鐘（取決于凝膠厚度）。
※ 將凝膠放在 UV 燈箱上的保鮮膜上，并在 300nm 照明下觀察。條帶將在淡橙色背景上顯示為亮橙色。
【注意事項】：
※ 該方法最大限度地減少了每次凝膠運行產生的溴化乙錠廢物量。
※ 靈敏度與方法 I 相同，可能需要在水中或 1mM MgSO4 中脫色以達到最佳靈敏度。
※ 在這種方法中，隨著染料擴散到基質中，從凝膠的頂部和底部可以看到條帶。通過浸泡凝膠直到條帶的頂部和底部出現，然后將凝膠從染色溶液中取出 15-30 分鐘，通常可以在不脫色的情況下獲得高對比度結果。在此期間，染色劑將繼續擴散到凝膠中，以犧牲游離染料為代價與 DNA 結合。結果是沒有脫色的較低背景。
※ 始終在乙錠染色凝膠下使用保鮮膜，以避免陽光照射損壞透照器表面。

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